《宝可梦传说：阿尔宙斯》中，新角色有驻扎在祝庆村的银河队组织，银河队是负责调查宝可梦生态的组织，也有金刚队和珍珠队，他们崇拜者“神奥大尊”，却因为描述不同而一直发生冲突，游戏中部分登场角色是神奥地区人物的祖先。
驻扎在祝庆村的银河队是负责调查宝可梦生态的组织。组织中的拉苯博士会带着从各地遇到的宝可梦来到洗翠地区，并赠送给主角最初的伙伴。
在银河队之前就已经驻扎在洗翠地区的两个组织金刚队和珍珠队因为对崇敬着的“神奥大尊”描述不同不时会发生冲突。分别隶属于两个组织的场长则是在洗翠地区中被选中负责照顾和保护获得了神秘庇佑的特别宝可梦的人。例如，菊伊隶属于珍珠队，火夏隶属于金刚队。
主要登场人物是神奥地区和来自其他地区中登场人物的祖先。例如，银河队的老大马加木是山梨博士的祖先。
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